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feat: 工作空间与 AI Tool Calling 深度集成
核心变更：
- 新增 execWorkspaceCommand() 无超时进程执行（workspace.ts）
- 新增 workspace:execTool IPC 通道（无超时，5MB 输出上限）
- run_command 工具改用 workspace IPC，移除 30s 超时限制
- run_command 默认启用（需用户确认），AI 上下文注入工作空间目录
- Agent Loop 工具执行：run_command 无超时，其他工具保持 30s
- Agent 系统提示词新增工作空间规则（userTerminated/truncated 反馈）
UI 修复：
- Header z-index 提升至 50，Model Bar 提升至 40，Input Area 提升至 30
- 工作空间面板 top 调整为 90px（header + model-bar），不再遮挡菜单
- Input Area 增加 position: relative 确保 z-index 生效
其他：
- 新增 docs/DEVELOPMENT.md 开发规范文档
- 设置面板 run_command 开关文案优化，默认值改为 true
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