feat: 工作空间与 AI Tool Calling 深度集成

核心变更：
- 新增 execWorkspaceCommand() 无超时进程执行（workspace.ts）
- 新增 workspace:execTool IPC 通道（无超时，5MB 输出上限）
- run_command 工具改用 workspace IPC，移除 30s 超时限制
- run_command 默认启用（需用户确认），AI 上下文注入工作空间目录
- Agent Loop 工具执行：run_command 无超时，其他工具保持 30s
- Agent 系统提示词新增工作空间规则（userTerminated/truncated 反馈）

UI 修复：
- Header z-index 提升至 50，Model Bar 提升至 40，Input Area 提升至 30
- 工作空间面板 top 调整为 90px（header + model-bar），不再遮挡菜单
- Input Area 增加 position: relative 确保 z-index 生效

其他：
- 新增 docs/DEVELOPMENT.md 开发规范文档
- 设置面板 run_command 开关文案优化，默认值改为 true

src/renderer/styles/style.css

@@ -199,7 +199,7 @@ html, body {
     -webkit-backdrop-filter: saturate(180%) blur(20px);
     border-bottom: 1px solid var(--border-subtle);
     flex-shrink: 0;
-    z-index: 10;
+    z-index: 50;
 }
 
 .header-left {
@@ -392,6 +392,8 @@ html, body {
     background: var(--bg-layer-alt);
     border-bottom: 1px solid var(--border-subtle);
     flex-shrink: 0;
+    z-index: 40;
+    position: relative;
 }
 
 .model-bar-icon {
@@ -1046,7 +1048,8 @@ html, body {
     backdrop-filter: saturate(180%) blur(20px);
     -webkit-backdrop-filter: saturate(180%) blur(20px);
     border-top: 1px solid var(--border-subtle);
-    z-index: 20;
+    z-index: 30;
+    position: relative;
     pointer-events: auto;
 }
 
@@ -2664,12 +2667,13 @@ html, body {
 
 .workspace-panel {
     position: fixed;
-    top: 0;
+    top: 90px; /* header(44px) + model-bar(46px) */
     right: 0;
     bottom: 0;
     width: 420px;
     background: var(--bg-solid, #202020);
     border-left: 1px solid var(--border-default, rgba(255,255,255,0.08));
+    border-top: 1px solid var(--border-default, rgba(255,255,255,0.08));
     display: flex;
     flex-direction: column;
     z-index: 10;