feat: 工作空间与 AI Tool Calling 深度集成

核心变更：
- 新增 execWorkspaceCommand() 无超时进程执行（workspace.ts）
- 新增 workspace:execTool IPC 通道（无超时，5MB 输出上限）
- run_command 工具改用 workspace IPC，移除 30s 超时限制
- run_command 默认启用（需用户确认），AI 上下文注入工作空间目录
- Agent Loop 工具执行：run_command 无超时，其他工具保持 30s
- Agent 系统提示词新增工作空间规则（userTerminated/truncated 反馈）

UI 修复：
- Header z-index 提升至 50，Model Bar 提升至 40，Input Area 提升至 30
- 工作空间面板 top 调整为 90px（header + model-bar），不再遮挡菜单
- Input Area 增加 position: relative 确保 z-index 生效

其他：
- 新增 docs/DEVELOPMENT.md 开发规范文档
- 设置面板 run_command 开关文案优化，默认值改为 true

src/renderer/services/agent-engine.ts

@@ -13,6 +13,7 @@ import {
 import { searchMemories, buildMemoryContext, markMemoryUsed, isMemoryEnabled } from './memory-manager.js';
 import { showToast } from '../components/toast.js';
 import { logInfo, logWarn, logError, logToolStart, logToolResult, logThink, logStream, logAgentLoop, logModelResponse } from './log-service.js';
+import { getWorkspaceDirPath } from '../components/workspace-panel.js';
 import type {
   OllamaMessage,
   OllamaStreamChunk,
@@ -31,7 +32,9 @@ const TOOL_USAGE_GUIDE = `【工具使用规则】
 2. 工具调用结果中的 path 字段是权威的文件路径，优先使用它。
 3. 如果对话中从未出现过相关路径，应先用 search_files 或 list_directory 定位，不要凭空猜测路径。
 4. 对同一文件的连续操作（读取→修改、读取→删除），路径必须一致。
-5. 当用户要求执行命令时，使用 run_command 工具执行。执行完成后，将 stdout/stderr 的结果告知用户。对于需要实时查看进度的长时间运行命令（如 npm install、ollama pull），建议用户在工作空间面板中手动执行。`;
+5. 当用户要求执行命令时，使用 run_command 工具执行。run_command 通过工作空间进程管理执行，无超时限制，支持长时间运行的命令。执行完成后，将 stdout/stderr 的结果告知用户。
+6. 如果 run_command 返回 userTerminated=true，说明用户手动终止了命令，请据此告知用户。
+7. 如果返回 truncated=true，说明命令输出超过 5MB 被截断，应告知用户完整输出可在工作空间面板查看。`;
 
 export interface AgentCallbacks {
   onThinking: (text: string) => void;
@@ -83,6 +86,15 @@ export async function runAgentLoop(
     }
   }
 
+  // 注入工作空间上下文
+  const workspaceDir = getWorkspaceDirPath();
+  if (workspaceDir) {
+    systemPromptParts.push(`【工作空间】
+当前工作空间目录: ${workspaceDir}
+你可以使用 run_command 工具在此目录下执行命令，所有命令通过工作空间进程管理执行，无超时限制。
+文件操作工具（read_file、write_file 等）的相对路径基于此目录解析。`);
+  }
+
   if (systemPromptParts.length > 0) {
     messages.push({ role: 'system', content: systemPromptParts.join('\n\n') + '\n\n' + TOOL_USAGE_GUIDE });
   } else {
@@ -287,16 +299,23 @@ export async function runAgentLoop(
       }
 
       try {
-        // 工具执行超时保护
+        // 工具执行（run_command 无超时，其他工具 30 秒超时）
         logInfo(`执行工具: ${call.function.name}`, JSON.stringify(call.function.arguments));
-        const result = await Promise.race([
-          executeTool(call.function.name, call.function.arguments).catch(err =>
-            ({ success: false, error: err?.message || String(err) }) as ToolResult
-          ),
-          new Promise<ToolResult>((_, reject) =>
-            setTimeout(() => reject(new Error('工具执行超时（30秒）')), TOOL_EXEC_TIMEOUT)
-          )
-        ]);
+        let result: ToolResult;
+        if (call.function.name === 'run_command') {
+          // run_command 通过 workspace IPC 执行，无超时限制
+          result = await executeTool(call.function.name, call.function.arguments);
+        } else {
+          // 其他工具保持 30 秒超时保护
+          result = await Promise.race([
+            executeTool(call.function.name, call.function.arguments).catch(err =>
+              ({ success: false, error: err?.message || String(err) }) as ToolResult
+            ),
+            new Promise<ToolResult>((_, reject) =>
+              setTimeout(() => reject(new Error('工具执行超时（30秒）')), TOOL_EXEC_TIMEOUT)
+            )
+          ]);
+        }
         const record: ToolCallRecord = {
           name: call.function.name,
           arguments: call.function.arguments,

src/renderer/services/tool-registry.ts

@@ -108,14 +108,13 @@ export const TOOL_DEFINITIONS: ToolDefinition[] = [
     type: 'function',
     function: {
       name: 'run_command',
-      description: 'Execute a shell command. DANGEROUS: disabled by default, must be enabled in settings.',
+      description: 'Execute a shell command via workspace. No timeout limit — runs until the process exits. Requires user confirmation. Output is streamed in real-time through the workspace process.',
       parameters: {
         type: 'object',
         required: ['command'],
         properties: {
           command: { type: 'string', description: 'Shell command to execute.' },
-          cwd: { type: 'string', description: 'Working directory.' },
-          timeout: { type: 'integer', description: 'Timeout ms. Max 120000.' }
+          cwd: { type: 'string', description: 'Working directory. Defaults to workspace directory.' }
         }
       }
     }
@@ -130,7 +129,8 @@ export function needsConfirmation(toolName: string): boolean {
 
 let enabledTools: Set<string> = new Set([
   'read_file', 'list_directory', 'search_files',
-  'write_file', 'create_directory', 'delete_file'
+  'write_file', 'create_directory', 'delete_file',
+  'run_command'  // 默认启用，需要用户确认
 ]);
 
 export function setToolEnabled(toolName: string, enabled: boolean): void {
@@ -160,7 +160,29 @@ export async function executeTool(toolName: string, args: Record<string, unknown
 
   try {
     logToolStart(toolName, JSON.stringify(args));
-    // IPC 调用 + 25 秒硬超时（比 agent-engine 的 30 秒先触发）
+
+    // run_command 走 workspace 无超时 IPC，其他工具走标准 IPC
+    if (toolName === 'run_command') {
+      const command = args.command as string;
+      const cwd = args.cwd as string | undefined;
+      if (!command) {
+        return { success: false, error: '缺少 command 参数' };
+      }
+      logInfo(`Workspace 命令执行: ${command.slice(0, 100)}`);
+      const result = await bridge.workspace.execTool(command, cwd);
+      logToolResult('run_command', result.success, result.success ? undefined : result.stderr?.slice(0, 200));
+      return {
+        success: result.success,
+        stdout: result.stdout,
+        stderr: result.stderr,
+        exitCode: result.exitCode,
+        duration: result.duration,
+        userTerminated: result.userTerminated,
+        truncated: result.truncated
+      };
+    }
+
+    // 其他工具：IPC 调用 + 25 秒硬超时
     const result = await Promise.race([
       bridge.tool.execute(toolName, args),
       new Promise<ToolResult>((_, reject) =>