feat: 工作空间与 AI Tool Calling 深度集成

核心变更：
- 新增 execWorkspaceCommand() 无超时进程执行（workspace.ts）
- 新增 workspace:execTool IPC 通道（无超时，5MB 输出上限）
- run_command 工具改用 workspace IPC，移除 30s 超时限制
- run_command 默认启用（需用户确认），AI 上下文注入工作空间目录
- Agent Loop 工具执行：run_command 无超时，其他工具保持 30s
- Agent 系统提示词新增工作空间规则（userTerminated/truncated 反馈）

UI 修复：
- Header z-index 提升至 50，Model Bar 提升至 40，Input Area 提升至 30
- 工作空间面板 top 调整为 90px（header + model-bar），不再遮挡菜单
- Input Area 增加 position: relative 确保 z-index 生效

其他：
- 新增 docs/DEVELOPMENT.md 开发规范文档
- 设置面板 run_command 开关文案优化，默认值改为 true

src/renderer/main.ts

@@ -191,7 +191,7 @@ async function init(): Promise<void> {
 
     // ── 防御性重置：确保首次启动不会遗留脏状态 ──
     state.set('toolCallingEnabled', false);
-    state.set('runCommandEnabled', false);
+    state.set('runCommandEnabled', true);  // 默认开启（需确认）
     state.set('memoryEnabled', true);
     state.set('thinkEnabled', false);
 
@@ -245,10 +245,10 @@ async function init(): Promise<void> {
 
     // ── Tool Calling 设置 ──
     const toolCallingEnabled = await db.getSetting('toolCallingEnabled', false);
-    const runCommandEnabled = await db.getSetting('runCommandEnabled', false);
+    const runCommandEnabled = await db.getSetting('runCommandEnabled', true);  // 默认开启（需确认）
     state.set('toolCallingEnabled', toolCallingEnabled);
     state.set('runCommandEnabled', runCommandEnabled);
-    if (runCommandEnabled) setToolEnabled('run_command', true);
+    if (!runCommandEnabled) setToolEnabled('run_command', false);  // 仅在用户明确关闭时禁用
     const toggleTC = document.querySelector<HTMLInputElement>('#toggleToolCalling');
     if (toggleTC) toggleTC.checked = toolCallingEnabled;
     const toggleRC = document.querySelector<HTMLInputElement>('#toggleRunCommand');