feat: 工作空间与 AI Tool Calling 深度集成

核心变更：
- 新增 execWorkspaceCommand() 无超时进程执行（workspace.ts）
- 新增 workspace:execTool IPC 通道（无超时，5MB 输出上限）
- run_command 工具改用 workspace IPC，移除 30s 超时限制
- run_command 默认启用（需用户确认），AI 上下文注入工作空间目录
- Agent Loop 工具执行：run_command 无超时，其他工具保持 30s
- Agent 系统提示词新增工作空间规则（userTerminated/truncated 反馈）

UI 修复：
- Header z-index 提升至 50，Model Bar 提升至 40，Input Area 提升至 30
- 工作空间面板 top 调整为 90px（header + model-bar），不再遮挡菜单
- Input Area 增加 position: relative 确保 z-index 生效

其他：
- 新增 docs/DEVELOPMENT.md 开发规范文档
- 设置面板 run_command 开关文案优化，默认值改为 true

src/main/ipc.ts

@@ -22,7 +22,7 @@ import {
   handleRunCommand
 } from './tool-handlers.js';
 import { getAllowedDirs, getBlockedDirs, setAllowedDirs } from './tool-security.js';
-import { startProcess, killProcess, getWorkspaceDir, setWorkspaceDir, listWorkspaceDir } from './workspace.js';
+import { startProcess, killProcess, getWorkspaceDir, setWorkspaceDir, listWorkspaceDir, execWorkspaceCommand } from './workspace.js';
 
 export function setupIPC(): void {
   ipcMain.handle('dialog:openFile', async (_, options?: { filters?: Array<{ name: string; extensions: string[] }> }) => {
@@ -171,4 +171,10 @@ export function setupIPC(): void {
     sendLog('info', `🖥️ workspace:kill`, `ID: ${id}`);
     killProcess(id);
   });
+
+  // 无超时工具命令执行（AI Tool Calling 集成）
+  ipcMain.handle('workspace:execTool', async (_, command: string, cwd?: string) => {
+    sendLog('info', `🔧 workspace:execTool`, `${command.slice(0, 200)} | cwd: ${cwd || '默认'}`);
+    return execWorkspaceCommand(command, cwd);
+  });
 }