feat: v0.4.0 四阶段迭代 — 安全加固 + 工程基线 + 架构重构 + 双 Provider 扩展

P0 安全修复:
- API Key 加密存储（safeStorage 密钥链，版本化前缀，历史明文平滑兼容）
- 间接提示注入防护（SecurityScanHook 工具结果深扫描，网络工具脱敏/本地工具警示分级）
- error:report IPC 断链修复（渲染进程错误上报落 electron-log + 审计）
- abort 信号贯通工具层（run_command/dev-tools 子进程随会话中断终止）
- run_command 沙箱加固（cd 系统目录/敏感文件读取拦截 + chcp 前缀剥离防解析退化）
- .env 真实生效（dotenv 回退加载，应用内配置优先）

P1 工程基础:
- ESLint 9 flat config + 全部 34 条存量 warnings 清零（零容忍基线）
- 测试基线 118 用例 11 文件（token/文件防护/权限/沙箱/注入/命令/引擎/注册表/审计链/摘要分层）
- test:electron 双模式（ELECTRON_RUN_AS_NODE 跑 Electron ABI，SQLite 套件全执行）
- SessionRecorder 多会话隔离 + 9 种 TRACE 事件补全（含最终轮 iteration_end）
- Provider 故障转移（重试耗尽/不可重试一次性切换 fallback + 前端通知）
- MCP 真就绪（等待全部连接完成再广播 tools:ready）
- SLO/HealthChecker 真实接入（60s 巡检 + 托盘状态）
- CONFIG_DEFAULTS 单一来源（消除 SEED 双源漂移）

P2 架构升级:
- handlers.ts 1940 行拆分为 13 个 IPC 域模块（防重入注册 + 多窗口广播）
- AgentEngineManager 每会话独立引擎（LRU 30 + adapter 工厂隔离 abort 信号）
- TaskOrchestrator EngineProvider 改造 + abortByParent 联动中断 SubAgent
- 会话摘要分层上下文（session_summaries 滚动摘要 + 截断游标清理防因果污染）
- 消息编辑重发/重新生成（truncateAfter IPC + store 动作 + UI）
- Markdown 导出 / WebSearch 并行抓取（并发 3）/ 记忆 TF 缓存 / 版本构建期注入

P3 能力扩展:
- OpenAI Adapter（o 系列推理模型 reasoning_effort/max_completion_tokens）
- Anthropic Adapter（原生 Messages API：tool_use 块/角色合并/thinking budget/图片 base64/SSE 事件机）
- 设置页/Onboarding 六 Provider 全链路接入

electron/services/mcp-manager.service.ts

@@ -202,6 +202,13 @@ export class MCPManager {
 
   /**
    * 初始化：从数据库加载已启用的 MCP Server 并连接
+   *
+   * P1-11: 等待所有连接完成（或 30s 超时）后才返回，保证调用方广播 tools:ready
+   * 时 MCP 工具已实际注册完成。原实现 connectServer 不 await，工具就绪广播
+   * 早于工具注册，存在"广播后一段时间内 MCP 工具仍不可用"的窗口。
+   *
+   * 单个 server 连接超时（30s）用于兜底：stdio server 挂起时不阻塞整体就绪，
+   * 超时的 server 会显示 error 状态，用户可在设置面板查看原因。
    */
   async initialize(): Promise<void> {
     const db = this.getDB();
@@ -212,24 +219,31 @@ export class MCPManager {
       command: string | null; args: string | null; url: string | null;
     }>;
 
-    for (const row of rows) {
-      const config: MCPServerConfig = {
-        id: row.id,
-        name: row.name,
-        transport: row.transport as 'stdio' | 'sse',
-        command: row.command ?? undefined,
-        args: row.args ? safeParseArgs(row.args) : undefined,
-        url: row.url ?? undefined,
-        enabled: true,
-      };
+    const connectWithTimeout = (config: MCPServerConfig): Promise<unknown> =>
+      Promise.race([
+        this.connectServer(config),
+        new Promise((resolve) => setTimeout(() => resolve('timeout'), 30_000)),
+      ]);
 
-      // 异步连接，不阻塞启动
-      this.connectServer(config).catch((err) => {
-        log.warn(`MCP server "${config.name}" auto-connect failed: ${err}`);
-      });
-    }
+    const settled = await Promise.allSettled(
+      rows.map((row) => {
+        const config: MCPServerConfig = {
+          id: row.id,
+          name: row.name,
+          transport: row.transport as 'stdio' | 'sse',
+          command: row.command ?? undefined,
+          args: row.args ? safeParseArgs(row.args) : undefined,
+          url: row.url ?? undefined,
+          enabled: true,
+        };
+        return connectWithTimeout(config).catch((err) => {
+          log.warn(`MCP server "${config.name}" auto-connect failed: ${err}`);
+        });
+      }),
+    );
 
-    log.info(`MCP Manager initialized: ${rows.length} server(s) configured`);
+    const failed = settled.filter((s) => s.status === 'rejected').length;
+    log.info(`MCP Manager initialized: ${rows.length} server(s) configured (${failed} failed)`);
   }
 
   /**